Verschillen tussen katholieken en protestanten komen onder andere tot uitdrukking in de manier hoe de kerk is georganiseerd. In de katholieke kerk bestaat een duidelijk hiërarchisch systeem: de paus is de hoogste gezagsdrager. Onder zijn leiding staan (aarts)bisschoppen, dekens, pastoors en kapelaans. Opvattingen over het geloof worden door de hoogste gezagsdragers bepaald. Van de gelovigen wordt verwacht dat zij in geloofszaken de kerkleiding volgen. Bij protestanten staat het eigen onderzoek van de bijbel door de gelovige zelf centraal. De dominee wordt niet van bovenaf benoemd maar door de plaatselijke kerk zelf aangesteld.
De nadruk op eigen onderzoek in de protestantse kerk heeft geleid tot meningsverschillen en tot vele kerkscheuringen. In het begin van de 19e eeuw vindt een deel van de calvinistisch hervormde kerk dat de bijbel te vrij wordt geïnterpreteerd. Met de Afscheiding (1834) verlaat deze groep de hervormde kerk. Samen met een nieuwe groep ontevredenen die in 1886 de hervormde kerk verlaat (de Doleantie onder leiding van Abraham Kuyper) vormen zij de gereformeerde kerk.
In 2004 fuseren de Gereformeerde Kerken in Nederland met de Nederlandse Hervormde Kerk en de Evangelisch-Lutherse Kerk tot de Protestantse Kerk in Nederland (PKN). Hiermee is een groot deel van de aanhangers van de Afscheiding en de Doleantie na lange tijd weer terug onder één landelijke kerkorganisatie met de hervormden. Er zijn groepen protestanten echter die de stap naar meer eenheid onder de protestanten niet willen maken en als zelfstandige protestantse kerk blijven bestaan.